Article du New-Yorker du 12/10/21
Le cas mystérieux de la théorie « Lab-Leak » du COVID-19
Le virus est-il issu de la nature ou d'une erreur humaine ?
Par Carolyn Kormann
Depuis l'apparition du coronavirus, fin 2019, quatre millions et demi de personnes sont décédées, d'innombrables autres ont souffert, des économies entières ont été bouleversées, des écoles ont été fermées. Pourquoi? Le virus est-il passé d'un animal à son premier hôte humain, son patient zéro ? Ou, comme certains le soupçonnent, la catastrophe était-elle le résultat d'un accident de laboratoire à Wuhan, une ville de onze millions d'habitants au centre de la Chine ?
Kristian Andersen, expert en maladies infectieuses chez Scripps Research, à San Diego, a commencé à suivre le virus en janvier 2020. Il a trouvé le degré de contagion non seulement effrayant mais inhabituel. Des scientifiques chinois avaient déjà établi qu'il appartenait à un genre de coronavirus que l'on trouve couramment chez les chauves-souris du sud de la Chine. Il partageait quatre-vingts pour cent de son génome avec le premier SRAS et était plus éloigné du MERS, un autre coronavirus de chauve-souris. Ce nouveau virus, cependant, se propageait beaucoup plus rapidement, atteignant au moins vingt-six pays à la fin du mois. "Il semblait être verrouillé et chargé pour avoir causé la pandémie", m'a dit Andersen. La plupart des virus circulant dans la nature, bien que certains puissent être mortels, ne sont pas très bons pour la transmission. Ce sont encore des virus animaux. « Cela, presque dès le premier jour », a déclaré Andersen, « est apparu comme un virus humain. »
Andersen, qui est originaire du Danemark, a une coupe raide et nette, avec un menton fendu et une énonciation coupée. Il travaillait au bureau de poste d'Aarhus lorsqu'il a décidé qu'il pourrait étudier la biologie moléculaire et est devenu la première personne de sa famille à fréquenter l'université. Sa carrière a décollé avec des enquêtes sur l'émergence du virus du Nil occidental, Ebola et Zika. Après le début de la pandémie, il faisait partie des scientifiques qu'Anthony Fauci, directeur de l'Institut national des allergies et des maladies infectieuses, a consulté sur les origines du virus. Le 31 janvier 2020, selon un e-mail obtenu par BuzzFeed News, Andersen a écrit à Fauci et à d'autres que le génome du SRAS-CoV-2 semblait "incohérent avec les attentes de la théorie de l'évolution".
Andersen a noté qu'"une très petite partie" du génome du SRAS-CoV-2 avait des "caractéristiques inhabituelles". Son pic - le morceau crucial de protéine de surface qu'un coronavirus utilise pour envahir une cellule - semblait capable de se lier étroitement à un récepteur de cellule humaine connu sous le nom d'ACE2. Cela, m'a dit Andersen, "signifie qu'il est plus efficace pour infecter les cellules humaines". L'autre trait important, une insertion rare dans le génome de douze nucléotides, appelée site de clivage de la furine, pourrait également augmenter la transmissibilité du virus et abaisser la barrière des espèces, permettant au virus de passer plus facilement à l'homme. "Il faut regarder de très près toutes les séquences pour voir que certaines des fonctionnalités semblent (potentiellement) conçues", a-t-il écrit. Il y avait beaucoup plus de données à analyser, a-t-il poursuivi, "donc ces opinions pourraient encore changer".
Un jour plus tard, Andersen a rejoint une conférence téléphonique avec un groupe d'éminents virologues et responsables gouvernementaux, dont Fauci et Francis Collins, le directeur des National Institutes of Health. Andersen a présenté un résumé des caractéristiques notables du génome du SRAS-CoV-2 et a demandé au groupe : « Pensons-nous que c'est inhabituel ? Fauci a rappelé que, parmi les participants, les avis étaient partagés. "Des gens bien informés disaient, il semble que cela pourrait être quelque chose qui pourrait être conçu, parce que ce n'est pas quelque chose que vous voyez habituellement", m'a-t-il dit. « Ensuite, vous avez quelqu'un d'autre tout aussi bien informé qui dit : Oh, non-sens, vous pouvez le voir dans d'autres situations. »
Certains commentaires sur la réunion, envoyés par courrier électronique au groupe après l'appel, ont été expurgés. Mais trois jours plus tard, le 4 février, la perspective d'Andersen a changé. Dans un e-mail à un autre groupe de scientifiques, qui a été récupéré par US Right to Know, un groupe d'enquête, Andersen a écrit : manifestement pas le cas.
En mars, Andersen et quelques-uns de ses collègues avaient finalisé une lettre, qui sera publiée par Nature Medicine, affirmant que le SRAS-CoV-2 s'était naturellement propagé à partir d'une chauve-souris, évoluant en un virus pandémique soit chez un animal hôte, soit inaperçu. , chez l'homme. "Nos analyses montrent clairement que le SRAS-CoV-2 n'est pas une construction de laboratoire ou un virus manipulé à dessein", ont-ils écrit. Le journal était extrêmement influent. Au cours des mois qui ont suivi, le consensus scientifique, repris par un certain nombre de médias grand public, a estimé que le virus résultait très probablement d'un débordement zoonotique naturel.
Lors d'un récent appel Zoom, Andersen était assis à son bureau, surplombant l'océan Pacifique. Il m'a dit que ses soupçons initiaux reflétaient le fait qu'il n'en savait pas assez sur les coronavirus. Son utilisation du terme «théories du crackpot», a-t-il dit, était une référence, en partie, à un article qui circulait à l'époque, qui affirmait que le SRAS-CoV-2 avait été conçu avec des inserts génétiques du H.I.V. Il s'était également vu qualifié de cinglé lors de discussions antérieures, a-t-il déclaré, car ses soupçons sur l'ingénierie virale n'étaient pas largement partagés. "Je pense qu'il y avait des gens qui pensaient que j'étais un idiot pour même suggérer que cela venait d'un laboratoire."
Au fur et à mesure que la pandémie progressait, tout le monde n'était pas convaincu par l'explication de l'origine naturelle. Un débordement zoonotique nécessiterait probablement un animal intermédiaire entre les chauves-souris et les humains, mais aucune espèce de ce type n'a encore été identifiée. Initialement, le marché de Huanan, à Wuhan, qui vendait du poisson, des produits et de la viande, semblait être la source du SRAS-CoV-2. Près d'un tiers des cent soixante-quatorze premiers cas connus étaient liés à Huanan. Et pourtant, le patient zéro ne l'était probablement pas. Les autorités chinoises ont déclaré qu'il était un comptable d'âge moyen, surnommé Chen, qui a développé des symptômes le 8 décembre et qui faisait généralement ses courses dans un supermarché de l'autre côté de la rivière. En mai 2020, George Fu Gao, directeur du Centre chinois de contrôle et de prévention des maladies, a déclaré : « Au début, nous pensions que le marché des fruits de mer pouvait être infecté par le virus, mais maintenant, le marché ressemble davantage à une victime. Le nouveau coronavirus existait bien avant. »
Parmi les sceptiques, dont beaucoup étaient des scientifiques accrédités, d'autres des détectives amateurs en ligne, y compris certains théoriciens du complot QAnon à part entière, une autre théorie a pris forme. Wuhan abrite l'Institut de virologie de Wuhan (W.I.V.), qui, depuis la première épidémie de SRAS, a amassé l'une des plus grandes bibliothèques de coronavirus de chauve-souris au monde ; quelque dix-neuf mille échantillons sont stockés dans ses laboratoires. Ses scientifiques ont collaboré étroitement avec des équipes internationales de chasseurs de virus, publié dans des revues universitaires de premier plan et reçu des centaines de milliers de dollars de subventions de recherche du gouvernement américain. Le W.I.V. s'associe également fréquemment avec le Wuhan Center for Disease Control and Prevention, qui, à l'automne 2019, a déménagé son laboratoire dans un nouvel emplacement près du marché de Huanan.
Que se passe-t-il lorsque les peurs infantiles sont étouffées ?
Des preuves circonstancielles soutenant un nouveau récit - selon lesquelles la pandémie pourrait avoir commencé à partir d'un accident de laboratoire à Wuhan - ont commencé à s'accumuler fin 2020. Les ensembles de données en ligne du W.I.V. avait disparu, des informations sur une épidémie précédente avaient été effacées, et des chercheurs du W.I.V. menaient des expériences avec des virus modifiés. Même Andersen a reconnu que l'émergence du virus à Wuhan est « une folle coïncidence ». En mai 2021, un groupe de scientifiques éminents a publié une lettre dans la revue Science, appelant à une enquête sur les origines qui prenait au sérieux l'hypothèse des fuites de laboratoire. Des rapports ont ensuite émergé, à partir de sources de renseignement américaines, que trois chercheurs du W.I.V. étaient tombés malades avec des symptômes de type COVID-19 et avaient demandé des soins à l'hôpital en novembre 2019.
En réponse, le président Biden a appelé à une enquête sur les origines de la pandémie. "J'ai maintenant demandé à la communauté du renseignement de redoubler d'efforts pour collecter et analyser des informations qui pourraient nous rapprocher d'une conclusion définitive", a-t-il déclaré. Le Centre national de lutte contre la prolifération, dont la mission est d'empêcher la prolifération des armes de destruction massive, a été sollicité pour faciliter l'effort. Selon un résumé non classifié des conclusions de l'enquête, publié en août, le virus n'a pas été développé comme une arme biologique, son émergence soudaine a pris les autorités chinoises au dépourvu et il a infecté les humains au plus tard en novembre 2019, "avec le premier cluster connu des cas de COVID-19 survenus à Wuhan, en Chine, en décembre. » Sinon, toutes les agences ont convenu que deux hypothèses d'origine restaient « plausibles » : une « exposition naturelle à un animal infecté et un incident associé au laboratoire ».
Au printemps 2012, six hommes qui travaillaient à nettoyer le guano de chauve-souris d'une mine de cuivre abandonnée près de la ville de Tongguan, dans la province du Yunnan, sont tombés malades d'une grave maladie respiratoire. Ils ont été admis dans un hôpital universitaire de Kunming, qui a envoyé des échantillons de sang de quatre des hommes au laboratoire de Shi Zhengli, le chef du Centre des maladies infectieuses émergentes du W.I.V. Shi est le chercheur le plus célèbre de Chine sur les coronavirus de chauve-souris. Des années plus tôt, elle avait rejoint l'équipe internationale qui avait découvert que les chauves-souris en fer à cheval servaient de réservoir à un grand nombre de virus liés au SRAS. Son laboratoire a testé le sérum des travailleurs à la recherche d'éventuels agents pathogènes zoonotiques que Shi et d'autres avaient précédemment découverts. Tout est revenu négatif. Trois des ouvriers sont morts.
Entre 2012 et 2015, Shi et son équipe se sont régulièrement rendus à la mine de Tongguan, à environ mille kilomètres de Wuhan. Le soir, les chercheurs ont tendu un filet japonais à l'entrée du puits de mine et ont attendu le crépuscule, lorsque les chauves-souris s'envolaient pour manger. Des écouvillons de gorge et de selles ont été prélevés sur six espèces différentes de chauves-souris en fer à cheval. En fin de compte, l'équipe de Shi a ramené plus de treize cents échantillons dans son laboratoire.
En 2016, Shi et ses collègues ont publié un article sur ce travail, constatant que de nombreuses chauves-souris étaient co-infectées par deux ou plusieurs coronavirus différents en même temps. Parce que les chauves-souris vivent regroupées dans des colonies en constante évolution, elles font circuler des virus à l'infini, même à travers les espèces, ce qui permet à différents virus de se recombiner, créant de nouvelles souches de coronavirus : une bacchanale évolutive. Finalement, le laboratoire de Shi aurait séquencét une partie des neuf coronavirus liés au SRAS qui ont été trouvés dans des échantillons prélevés dans la mine de Tongguan.
Trois ans plus tard, dans les derniers jours de 2019, Shi a reçu des échantillons de sept patients atteints d'un nouveau virus qui ravageait sourdement Wuhan. Une fois que Shi a séquencé le virus, SARS-CoV-2, elle a parcouru les bases de données du W.I.V. pour trouver une correspondance génétique. Le parent le plus proche qu'elle a trouvé, selon un article qu'elle et ses collègues ont publié dans Nature, en février 2020, était un coronavirus de chauve-souris qui était à quatre-vingt-seize pour cent le même que le SRAS-CoV-2. Elle l'a appelé RaTG13. « Ra » signifiait l'espèce de chauve-souris, Rhinolophus affinis, ou le fer à cheval intermédiaire ; « TG » représentait l'endroit, Tongguan ; et "13" était l'année de sa découverte, 2013.
En quelques mois, un couple de scientifiques en Inde, Monali Rahalkar et Rahul Bahulikar, a découvert un lien surprenant, un lien que Shi n'avait pas noté dans son article. Dans un article de journal préimprimé publié en ligne, ils ont déclaré que, selon leur analyse génétique, RaTG13 semblait « 100 % similaire » à un nouvel échantillon de coronavirus de type SRAS que Shi avait décrit dans son article de 2016 sur le puits de mine abandonné, sous un nom différent. : RaBtCoV/4991. Curieusement, aucun des papiers de Shi ne mentionnait les travailleurs malades qui avaient conduit les scientifiques au puits de mine abandonné en premier lieu.
Un utilisateur de Twitter nommé @TheSeeker268 a envoyé par courrier électronique à Rahalkar et Bahulikar un lien vers une thèse de maîtrise de 2013 sur les six maladies des travailleurs. L'auteur, étudiant en médecine à l'Université de médecine de Kunming, a écrit que les six patients ont été traités avec des antiviraux, des antibiotiques et des antifongiques, de la même manière que les traitements pour COVID-19. Un éminent pneumologue a consulté à distance deux des patients et leur a diagnostiqué une pneumonie, principalement d'origine virale, avec une possible infection fongique secondaire. L'étudiant en médecine a conclu que les cas de pneumonie étaient probablement causés par des coronavirus de type SRAS qui s'étaient propagés à partir de chauves-souris en fer à cheval dans la mine. Un chapitre suivant dans un doctorat. thèse de 2016 (également dénichée par @TheSeeker268) par un étudiant supervisé par Gao, directeur du C.D.C. chinois, a déclaré que les échantillons de sang de quatre des patients, qui ont été testés par le W.I.V., avaient des anticorps contre les coronavirus liés au SRAS, suggérant une infection antérieure.
Après la publication de ces résultats, Nature a publié un addendum à l'article RaTG13 de Shi qui reconnaissait le lien avec la mine. Shi a précisé que son laboratoire avait entièrement séquencé RaTG13 en 2018, car "la technologie et les capacités de notre laboratoire s'étaient améliorées". Elle a également fourni des détails sur les tests que son laboratoire avait effectués sur les échantillons de sérum des travailleurs et a déclaré que le laboratoire avait récemment retesté les échantillons, cette fois pour le SRAS-CoV-2. Ils étaient négatifs. Elle a également déclaré qu'aucun anticorps contre un coronavirus de type SRAS n'avait été trouvé.
Les travailleurs n'étaient pas infectés par le SRAS-CoV-2, sinon nous aurionsun COVID-12, pas COVID-19. Mais chez certains scientifiques, le manque de transparence a soulevé des questions. Des laboratoires comme le W.I.V. devraient avertir le monde des virus qui pourraient constituer une menace. À Tongguan, il y a eu une mini-épidémie d'une maladie mortelle, qui ressemblait au SRAS mais n'était pas le SRAS, dans une mine remplie de coronavirus de chauve-souris de type SRAS. L'Institut de virologie de Wuhan n'a rien dit sur les travailleurs infectés, même lorsque leurs cas avaient un lien direct avec la pandémie, jusqu'à ce que des chercheurs indépendants aient établi le lien.
@TheSeeker268 est membre de DRASTIC, (Decentralized Autonomous Radical Search Team Investigating)qui étudie la COVID-19 et s'est formée sur Twitter a été parmi les défenseurs les plus agressifs de la théorie des fuites de laboratoire. (Rahalkar et Bahulikar sont également vaguement liés au groupe.) Dans un tweet sur les chercheurs du W.I.V. et la mine de Tongguan, @TheSeeker268 a écrit : « En résumé : ils n'ont pas parlé de leurs voyages à la mine, du motif de leurs voyages et de tous les CoV qu'ils ont échantillonnés ».
Shi a fermement nié avoir essayé de supprimer quoi que ce soit à propos de la mine de Tongguan. "Je viens de télécharger la thèse de maîtrise de l'étudiant de l'hôpital de Kunming et de la lire", a déclaré Shi à la BBC. « La conclusion n'est basée ni sur des preuves ni sur la logique. Mais il est utilisé par les théoriciens du complot pour douter de moi. Au lieu de cela, a-t-elle déclaré dans une interview avec Scientific American l'année dernière, un champignon était l'agent pathogène qui avait rendu les mineurs malades. "Le guano de chauve-souris, couvert de champignons, jonchait la grotte", a déclaré Shi. Les infections fongiques sont certainement un risque pour les spéléologues. Mais ils sont également une infection secondaire courante dans les cas de pneumonie, comme on le voit chez certains patients COVID-19.
Linfa Wang, directrice du programme sur les maladies infectieuses émergentes, à Duke-N.U.S. Medical School, à Singapour, est l'un des principaux experts mondiaux en virus de chauve-souris et a fréquemment collaboré avec Shi. Il avait aidé à analyser les échantillons qui ont été collectés auprès des travailleurs en 2012 et a rejeté les accusations selon lesquelles Shi aurait gardé les données secrètes. "Nous voulions prouver qu'un coronavirus a causé les décès", a déclaré Wang à Science. "Si nous prouvions qu'un autre virus semblable au SRAS était chez l'homme en Chine, cela aurait été scientifiquement brillant."
DRASTIC a également exposé un autre mystère lié au W.I.V. En septembre 2019, selon les pages Web archivées par DRASTIC, la base de données du W.I.V. qui était autrefois accessible au public a été rendue inaccessible. Il contenait des enregistrements concernant environ vingt-deux mille échantillons, y compris, vraisemblablement, les séquences de Tongguan. Interrogé à ce sujet par la BBC, Shi a déclaré que le W.I.V. n'avait « rien à cacher » et que son site Web et la messagerie électronique de son personnel « avaient été attaqués », de sorte que la base de données « a été mise hors ligne pour des raisons de sécurité ». Les données ne sont toujours pas disponibles.
PUBLICITÉ
Il existe douze cents mutations différentes entre les génomes de RaTG13 et du SRAS-CoV-2, des variations dispersées qui démontrent le désordre de l'évolution. Le nombre et la distribution de ces mutations sont trop importants pour que RaTG13 soit le géniteur direct du SARS-CoV-2 ; ils se sont séparés d'un ancêtre commun il y a au moins vingt ans. Mais sa proximité génétique signifie que «nous devrions rechercher les ancêtres du SRAS-CoV-2 dans des endroits où se trouvent des parents comme RaTG13 », m'a dit en septembre Jesse Bloom, biologiste évolutionniste au Fred Hutchinson Cancer Research Center. « À ce stade, les parents les plus proches du SRAS-CoV-2 sont connus pour avoir existé à deux endroits : des grottes de chauves-souris dans le Yunnan et à l'Institut de virologie de Wuhan. »
Au-delà de la géographie, la nature des expériences entreprises par le W.I.V. et ses partenaires a soulevé des inquiétudes. En 2015, Shi était co-auteur d'une étude révolutionnaire, dans Nature, avec Ralph Baric, un expert en coronavirus à l'Université de Caroline du Nord. Grâce à l'utilisation d'une technologie génétique pionnière, Baric a examiné quelles structures virales pourraient donner à un coronavirus la capacité d'infecter les humains. Le travail consistait à synthétiser ce qu'on appelle un virus chimérique, du nom de la bête mythique avec ses parties prélevées sur divers animaux; dans ce cas, un clone modifié du SRAS a été combiné à une protéine spike prélevée sur l'un des coronavirus de chauve-souris que Shi avait découvert dans le Yunnan.
Leurs recherches ont eu lieu à une époque difficile pour les virologues. Quatre ans plus tôt, un scientifique néerlandais du nom de Ron Fouchier a décidé de voir s'il pouvait rendre le virus mortel de la grippe aviaire, H5N1, plus transmissible. Après avoir échoué à réorganiser génétiquement le virus, Fouchier s'est tourné vers une méthode classique : il a fait passer le virus à travers des furets vivants à plusieurs reprises, forçant le virus à évoluer dans son nouvel hôte. Après dix rounds, le virus était en suspension dans l'air. Il avait créé un agent pathogène prêt pour une pandémie dans son laboratoire.
L'expérience, qui constituait un type de recherche connu sous le nom de « gain de fonction », a provoqué l'alarme. Il y a eu des réunions de haut niveau, des éditoriaux et des rapports dénonçant un tel travail comme étant beaucoup plus risqué qu'utile. En 2014, le président Barack Obama a ordonné une pause sur les études de gain de fonction impliquant la grippe, le SRAS et le MERS, jusqu'à ce qu'un nouveau processus réglementaire puisse être créé. Baric, cependant, était au milieu de son expérience de virus chimérique. Il a adressé une pétition au N.I.H. conseil de biosécurité, qui lui a accordé, ainsi qu'à d'autres chercheurs, une dérogation à l’interdiction temporaire.
Lorsque Baric a testé le virus chimérique dans une culture de cellules des voies respiratoires humaines, sa protéine de pointe s'est avérée capable de se lier au récepteur cellulaire ACE2, suggérant que le virus était désormais prêt à sauter des espèces. Chez les souris vivantes, il a causé la maladie. Compte tenu de ce résultat inattendu, a conclu Baric, "des comités d'examen scientifique peuvent considérer que des études similaires construisant des virus chimériques basés sur des souches en circulation sont trop risquées pour être poursuivies".
Cela ne s'est pas produit. Les expériences de Baric, que le N.I.H. avaient déterminé qu'il n'y avait pas de gain de fonction, a poursuivi à l'Université de Caroline du Nord. Le laboratoire de Shi a développé sa propre plate-forme pour créer des virus chimériques. Elle a croisé un autre coronavirus de chauve-souris du Yunnan – nommé WIV1 – avec des clones de différentes nouvelles protéines de pointe, et a testé la création sur des souris humanisées. Les virus se sont rapidement répliqués. L'un a rendu les souris émaciées, signe d'une pathogenèse sévère. Ce qui rendait ce travail particulièrement risqué, c'est que WIV1 était déjà connu pour être potentiellement dangereux pour l'homme. Baric lui-même l'avait clairement indiqué dans une étude de 2016 intitulée "SARS-Like WIV1-CoV Poised for Human Emergence".
Certaines de ces expériences au W.I.V. ont été financées par le gouvernement américain, selon les articles publiés par Shi, ainsi que les demandes de subvention financées par le N.I.H. et les rapports d'avancement obtenus par l'Intercept. En 2014, le N.I.H. avait accordé à une organisation à but non lucratif basée à New York appelée EcoHealth Alliance une subvention de 3,7 millions de dollars sur cinq ans, dont une partie - environ six cent mille dollars - est allée au W.I.V. Fauci et le N.I.H. ont maintenu que les travaux du W.I.V., comme ceux de Baric, ne constituaient pas une recherche sur le gain de fonction, et n'ont donc pas violé la pause de l'ère Obama. (L'administration Trump a levé la pause en 2017, après trois ans d'ateliers et de délibérations entre plusieurs agences qui ont abouti à un nouveau processus réglementaire.) "Ne trompez pas les gens en disant que nous n'avons pas pris cela au sérieux depuis des années", m'a dit Fauci. , sa voix s'élevant. « Selon notre définition, ce n'était pas un gain de fonction, point final. Si vous n'aimez pas la définition, changeons la définition.
Ces derniers mois, les sceptiques de la thèse de l'origine naturelle ont souligné le fait que Shi menait ses expériences de virus chimériques dans un laboratoire de niveau de biosécurité 2, qui, par rapport au niveau de biosécurité 3, ne nécessite pas les mêmes précautions, telles qu'un EPI complet, surveillance médicale pour les chercheurs, armoires de biosécurité obligatoires, flux d'air contrôlé et deux ensembles de portes verrouillables à fermeture automatique. (Shi a mené des expériences sur des animaux vivants dans un laboratoire BSL-3 dans une installation distincte.) Parce qu'ils travaillaient avec de nouveaux virus de chauve-souris plutôt qu'avec des virus connus pour infecter directement les humains, le paramètre de faible biosécurité était conforme aux lois chinoises. Mais Susan Weiss, experte en coronavirus à la faculté de médecine de l'Université de Pennsylvanie, qui a co-écrit un article récent avec Andersen et d'autres qui décrit les preuves d'une origine naturelle, a été surprise quand je lui ai dit qu'ils travaillaient en BSL-2 . "Ce n'est pas une bonne idée", a-t-elle déclaré.
Pourtant, aucun des travaux documentés de Shi sur les virus chimériques n'a abouti à la création du SRAS-CoV-2. (« Si vous essayez de dire que cette expérience particulière aurait pu conduire au SRAS-CoV-2, c'est complètement impossible », a déclaré Fauci.) Les virus chimériques que le W.I.V. conçus sont loin du SARS-CoV-2 sur l'arbre généalogique des coronavirus. Selon Shi, le W.I.V. n'a isolé et cultivé en culture que trois nouveaux coronavirus sur leurs dix-neuf mille échantillons. Ce que ce chapitre de son travail démontre, cependant, c'est une grande tolérance au risque. "Ils jouaient essentiellement à la roulette russe avec le virus que l'expert mondial avait qualifié de prêt à l'émergence humaine", a déclaré David Relman, microbiologiste à Stanford. "C'est la volonté de les manipuler sans inquiétude."
En janvier, l'Organisation mondiale de la santé a envoyé une équipe de scientifiques internationaux à Wuhan pour mener la première phase d'une recherche des origines du SRAS-CoV-2. Le rapport du groupe, publié en mars, a retenu la thèse d’un débordement zoonotique - d'une chauve-souris à un humain en passant par un animal intermédiaire - comme la voie d'origine la plus probable. Ils ont jugé qu'un incident de laboratoire était "extrêmement improbable", ne consacrant que trois des plus d'une centaine de pages dans le rapport principal à la théorie. Comme Andersen le dit souvent lorsqu'il examine les preuves, « Tout est possible, mais ce qui est plausible m'intéresse. »
Premièrement, une origine naturelle a des antécédents historique. Le SRAS s'est propagé des chauves-souris aux civettes sur un marché urbain en novembre 2002. Le MERS, qui a émergé en Arabie saoudite en 2012, est passé des chauves-souris aux chameaux aux humains. La civette a été identifiée comme la source la plus probable du SRAS dans les quatre mois suivant l'épidémie; les chameaux ont été identifiés dans les neuf mois suivant le MERS. Et pourtant, l'animal intermédiaire du SRAS-CoV-2 - parmi les seules choses, à ce stade, qui pourraient définitivement prouver qu'il n'est pas originaire des laboratoires de Wuhan - n'a pas été trouvé. Une telle découverte devient également moins probable. Des membres de la mission du W.H.O. ont écrit dans une lettre d'août à Nature : « La fenêtre se termine rapidement sur la question de la faisabilité biologique de mener une recherche critique de personnes et d'animaux à l'intérieur et à l'extérieur de la Chine ».
Un membre du W.H.O. était Peter Daszak, président de l'Alliance EcoHealth, qui se consacre à l'atténuation de l'émergence des maladies infectieuses. Depuis la première épidémie de SRAS, il a été l'un des partenaires les plus proches du W.I.V., facilitant la sous-traitance du N.I.H. et travaillant beaucoup avec Shi et son équipe sur le terrain. Il s'est toujours porté garant de Shi et a mené la charge pour appeler toute suggestion d'un accident de laboratoire une théorie du complot. « Le problème avec cette hypothèse de libération en laboratoire », m'a-t-il dit, « est que cela dépend d'une chose critique : que le virus était dans le laboratoire avant de sortir. Mais je sais que ce virus n'était pas dans le laboratoire. »
Daszak, un écologiste des maladies largement publié, sait également que la diversité des virus dans la nature est presque illimitée. Plus récemment, lui et d'autres scientifiques d'EcoHealth ont construit un modèle analysant la fréquence à laquelle les coronavirus peuvent se propager des chauves-souris aux personnes dans le sud de la Chine et l'Asie du Sud-Est. Ils ont superposé les habitats des vingt-trois espèces de chauves-souris connues pour abriter des coronavirus liés au SRAS avec des cartes des populations humaines. Sur la base des contacts chauves-souris et des données sur les anticorps, ils ont estimé qu'environ quatre cent mille personnes pourraient être infectées chaque année par des coronavirus liés au SRAS. « Les gens y sont exposés chaque année », m'a dit Daszak. « Ils ne le savent peut-être pas. Ils peuvent même tomber malades et mourir.
En d'autres termes, les contaminations animaux-homme seproduisent beaucoup plus souvent qu'on ne le pense. Les gens sont exposés aux chauves-souris lorsqu'ils s'abritent dans des grottes, récoltent du guano de chauve-souris - le meilleur engrais au monde - et chassent, découpent et mangent des chauves-souris, une pratique bien documentée dans diverses poches de la région. "Ces petits villages sont à la lisière de forêts en voie de disparition", m'a dit Kendra Phelps, biologiste des chauves-souris à l'EcoHealth Alliance et co-auteur de la récente étude. "À l'intérieur de cette forêt se trouve une faune densément peuplée, qui est très stressée par des choses comme l'empiètement des monocultures d'huile de palme et de riz." Les animaux stressés (tout comme nous) sont plus susceptibles de tomber malades et d'excréter le virus ».
Avant la pandémie, le président Xi Jinping faisait la promotion des fermes d'élevage d'animaux sauvages comme moyen de réduire la pauvreté, et l'industrie, qui était en grande partie non réglementée, employait plus de quatorze millions de personnes. "Il y a cet incroyable réseau de personnes impliquées dans l'élevage et l’entretien d'animaux et essayant de nouvelles idées", m'a dit Daszak l'année dernière. "C'est entrepreneurial, c'est chaotique, c'est le genre de fermes à moitié en train de s'effondrer, avec des espèces mélangées." Le rapport de l'OMS a déclaré que certains fournisseurs de viande sauvage à Wuhan étaient situés dans le sud de la Chine, où résident principalement les chauves-souris en fer à cheval qui hébergent des coronavirus de type SRAS. C'est peut-être là que le virus est passé des chauves-souris aux animaux, et ces animaux malades ont été amenés à Wuhan, où ils ont été vendus à Huanan et dans les trois autres marchés connus d'animaux vivants de la ville. « La grande opportunité manquée, clairement », a déclaré Andersen, « était de tester des réservoirs potentiels – des hôtes intermédiaires sur ces marchés, pas seulement au marché de Huanan mais à partout dans Wuhan, ainsi que les fermes plus éloignées d'où venaient ces animaux,ce qui, à ma connaissance, n'a pas été officiellement fait.
Le gouvernement chinois a fermé et aseptisé le marché de Huanan le 1er janvier 2020, détruisant essentiellement une scène de crime. Les responsables chinois ont déclaré aux enquêteurs de l'OMS qu'aucun mammifère vivant n'y a été vendu - une position qu'ils maintiennent toujours. Mais un virologue de l'Université de médecine traditionnelle chinoise du Hubei avait, a-t-il écrit, "par chance" mené des enquêtes mensuelles pour identifier la source d'une grave maladie transmise par les tiques. En juin, il a publié une étude contenant des preuves documentaires que, au cours des deux années précédant l'émergence du SRAS-CoV-2, près de cinquante mille animaux vivants représentant trente-huit espèces sauvages, dont beaucoup sont maintenant connus pour être sensibles au SRAS. -CoV-2 - ont été vendus et massacrés sur les marchés de Wuhan, y compris Huanan.
En février 2020, la Chine a interdit le commerce et la consommation d'animaux sauvages vivants. Des dizaines de milliers de fermes ont été fermées dans tout le pays. Un agriculteur du Yunnan a déclaré que le gouvernement avait acheté et tué son cheptel de rats de bambou. Les autorités chinoises n'ont pas divulgué la mesure dans laquelle ils ont testé les animaux de ferme et les travailleurs avant l'abattage de masse. Cela rend « toute preuve de propagation précoce du coronavirus de plus en plus difficile à trouver », le W.H.O. mission mentionnée dans son rapport. Des responsables chinois ont déclaré au W.H.O. que leurs scientifiques ont testé plus de quatre-vingt mille échantillons de bétail, de volaille et d'animaux sauvages, dans trente et une provinces, collectés avant et après l'épidémie, mais n'ont trouvé aucune preuve du SRAS-CoV-2.
L'animal le plus trafiqué au monde, le pangolin, était initialement considéré comme un candidat probable dans la recherche d'animaux intermédiaires, non pas parce qu'ils ont été vendus sur le marché de Huanan mais parce que, début 2020, des échantillons de tissus d'un groupe de pangolins ont été confisqués à des contrebandiers. à la frontière sud de la Chine – testé positif pour un coronavirus. Il existe des coronavirus particuliers à toutes sortes d’animaux, mais celui-ci était étrange. Une partie de sa protéine de pointe, le domaine de liaison au récepteur, pourrait se lier plus étroitement à l'ACE2 humain que le fait le SARS-CoV-2. En février 2020, Andersen se méfiait de la force de liaison du SRAS-CoV-2 à l’ACE2. La découverte du coronavirus du pangolin l'a amené à changer d'avis. Si le pangolin avait naturellement développé un coronavirus armé pour se lier à l'ACE2, alors le SRAS-CoV-2 aurait également pu naturellement développer une telle caractéristique. (Le reste du coronavirus pangolin était trop distinct du SARS-CoV-2 pour en être la source.)
Depuis lors, des proches parents du SRAS-CoV-2 ont été identifiés en Chine, en Thaïlande, au Cambodge et au Japon. Mais la découverte la plus significative soutenant une origine naturelle a été annoncée en septembre. Des scientifiques du Laos, juste au sud de la frontière du Yunnan, ont découvert un coronavirus de chauve-souris en fer à cheval qui est génétiquement plus proche du SRAS-CoV-2 que le virus de la mine de Tongguan. Il pourrait s'être séparé d'un ancêtre commun avec le SRAS-CoV-2 au cours de la dernière décennie environ. De manière alarmante, leurs pointes sont identiques et se lient avec une efficacité égale aux récepteurs ACE2 humains. La découverte "efface complètement bon nombre des principaux arguments de fuite de laboratoire selon lesquels le Yunnan est spécial", a déclaré Andersen. « Ces types de virus sont beaucoup plus répandus que nous ne le pensions initialement. »
Bloom a remis en question la signification des découvertes au Laos. « Je ne pense pas que cela nous dise vraiment, encore une fois, exactement comment ces virus sont arrivés à Wuhan », a-t-il déclaré. Mais le commerce d'espèces sauvages en Chine aurait pu être à la fois un incubateur et un système de transit pour un virus comme le SRAS-CoV-2, qui s'est avéré pas nécessairement adapté aux humains mais aux mammifères plus généralement. Des tigres qui toussent ont été testés positifs pour COVID-19 au zoo du Bronx, puis huit gorilles encombrés (des bronchés) au zoo de San Diego. Les cerfs de Virginie ont des anticorps SARS-CoV-2. Aux Pays-Bas, le virus a dévasté les élevages de visons, infectant 68 % des travailleurs agricoles et accélérant la fin définitive du commerce des fourrures dans le pays. La Chine est le plus grand producteur de fourrure au monde. Les élevages de visons auraient-ils pu être le problème? Les chiens viverrins, une autre source de fourrure et de viande exotique en Chine, sont sensibles. "Nous avons vu ce virus sauter dans toutes sortes d'animaux sans adaptation, sans évolution", m'a dit Andersen. « C'est un généraliste. Cela devait être le cas, sinon cela ne pourrait probablement pas provoquer une pandémie. C'est une bête unique.
Le 21 septembre, DRASTIC a publié une nouvelle révélation surprenante. En 2018, Daszak, d'EcoHealth Alliance, en partenariat avec Shi, Baric et Wang, avait soumis une proposition de subvention de 14,2 millions de dollars à la Defense Advanced Research Projects Agency (DARPA) des États-Unis. La proposition - qui a été obtenue d'un dénonciateur anonyme - a détaillé un plan ambitieux pour identifier, modéliser et tester le risque de débordement de nouveaux coronavirus de chauve-souris liés au SRAS, puis développer des vaccins pour les chauves-souris en fer à cheval elles-mêmes, pour empêcher les virus de sauter dans d'autres animaux ou personnes. Ce est remarquable, c'est leur projet d'insérer des sites de clivage de la furine « spécifiques à l'homme » dans des coronavirus de chauve-souris de type SRAS. Le site de clivage de la furine est la caractéristique la plus distinctive du SRAS-CoV-2. C'est "la sauce magique de ce virus", a récemment déclaré Michael Worobey, un biologiste de l'évolution à l'Université de l'Arizona. « Qu’il soit naturel ou génétiquement modifié, c’est ce qui fait que ce virus circule chez l’homme. »
Avant l'émergence du SRAS-CoV-2, les recherches suggéraient qu'un site de clivage de la furine élargissait la gamme d'espèces hôtes qu'un virus peut infecter avec succès et augmente sa contagiosité (une hypothèse que la pandémie a confirmée). Pour qu'un coronavirus pénètre dans une cellule, son spike doit subir une délicate métamorphose, dans laquelle il est coupé en deux morceaux. Ce n'est qu'alors que le virus peut fusionner avec la membrane de la cellule hôte et décharger son matériel génétique, ou ARN. Un virus avec un site de clivage de la furine peut utiliser la furine d'un hôte - une enzyme que le corps humain produit facilement - pour couper rapidement sa pointe. Worobey a déclaré que cela « met le virus sur un déclencheur capillaire de sorte qu’une fois qu’il se lie à la cellule, il puisse entrer et être très efficace ».
La proposition de la DARPA indiquait que les scientifiques introduiraient des sites de clivage de la furine dans des versions créées en laboratoire de coronavirus liés au SRAS, récupérés sur des chauves-souris dans le Yunnan. Ils prévoyaient de séquencer entièrement et de générer des clones de trois à cinq nouveaux virus de chauve-souris chaque année. Ensuite, ils testeraient les virus altérés dans des cellules respiratoires humaines et, potentiellement, dans des souris humanisées. "Cela décrit un travail qui est, comme" Sortons et découvrons de nouveaux virus "", a déclaré Andersen, "et faisons des choses comme les sites de clivage de la furine. Donc, oui, c'est la raison pour laquelle cela est pertinent pour une discussion élargie. "
Le SRAS-CoV-2 est le seul virus connu pour posséder, dans sa branche de l'arbre généalogique des coronavirus, un site de clivage de la furine. "Nous savons maintenant qu'il existe des CoV de chauve-souris pleine longueur similaires au SRAS-CoV-2 qui se lient bien à l'ACE2 humain", a déclaré Bloom, se référant aux virus du Laos, "mais il leur manque le site de clivage de la furine". Le W.I.V. collectait de nombreux virus chaque année. Et si les chercheurs en avaient trouvé un encore plus similaire au SRAS-CoV-2, avec la même affinité de liaison pour l'ACE2 humain, puis avaient échangé un site de clivage de la furine en un clone de ce virus en laboratoire ? De tels travaux auraient pu conduire directement à la création du SARS-CoV-2. Alina Chan, postdoctorante en biologie moléculaire et thérapie génique au Broad Institute du M.I.T. et Harvard, a tweeté récemment "Un nouveau site de clivage de la furine aurait pu être l'ingrédient supplémentaire pour qu'un virus naturel se propage des animaux aux humains et provoque une pandémie". "Cela aurait également pu être l'ingrédient supplémentaire pour qu'un virus de laboratoire contamine un chercheur et soit sorti du laboratoire inaperçu."
Chan est le co-auteur du livre à paraître « Viral: The Search for the Origin of COVID-19 », et est, depuis le printemps 2020, l'un des chercheurs les plus tenaces sur un éventuel accident de laboratoire. "La question doit être posée", a-t-elle tweeté, "pourquoi les gens au courant ne pensaient-ils pas qu'il était urgent et important, en janvier 2020, de faire savoir au monde qu'il y avait des recherches qui auraient pu conduire de manière plausible à l'émergence du SRAS2 à Wuhan.
La proposition a été rejetée. Un chef de projet de la DARPA a expliqué que ses « principaux atouts sont l'équipe expérimentée et les grottes sélectionnées points chauds des coronavirus qui présentent une prévalence élevée pour les nouveaux coronavirus de chauve-souris ». Mais, ont-ils écrit, l'équipe "ne mentionne ni n'évalue les risques potentiels de la recherche sur le gain de fonction (GoF)". C'est-à-dire que le groupe n'avait pas de plan pour le cas où leurs expériences créeraient un nouveau virus prêt pour une pandémie. Les examinateurs de la DARPA « ont été vraiment choqués » par la nature « irresponsable » de la proposition et son manque de considération pour les risques que la recherche de gain de fonction entraînerait, m'a dit un responsable, qui n'était pas autorisé à parler aux journalistes.
Au printemps 2020, lorsque le président Donald Trump a commencé à promouvoir la théorie des fuites de laboratoire, la détournant de toute discussion raisonnable, quelqu'un lui a dit qu’une subvention du N.I.H. aavait financé le W.I.V. Le N.I.H. a annulé brutalement la subvention. J'ai parlé à Daszak à ce moment-là de la politisation de la science et de la façon dont la décision affecterait la capacité de son organisation à fonctionner. Il a déclaré que cela avait mis fin à la collaboration avec le W.I.V. sur des travaux importants qui étaient directement liés au développement de médicaments pour COVID-19, à la recherche de l'origine du virus et à la prévention de la prochaine pandémie. Cela signifiait également, a-t-il dit, que les scientifiques d'EcoHealth n'auraient plus accès aux données du W.I.V. « C'est une chose très complexe », a-t-il dit, décrivant le travail d'EcoHealth en Chine, « les scientifiques chinois essaieront de faire mon travail, mais ce ne sera pas le même travail, et ce ne sera pas le travail dont nous avons besoin pour vraiment comprendre le prochain.
Malgré le fait que les sites de clivage de la furine aient fait l'objet de nombreux débats depuis un an et demi, Shi, Baric et Wang n'ont jamais mentionné publiquement qu'ils avaient proposé ces expériences. Daszak, bien qu'il soit membre du groupe de l’enquête du W.H.O., n'a rien dit. (« Tout ce genre de travail sur le site de clivage de la furine était censé être effectué en Caroline du Nord, pas à l'Institut de virologie de Wuhan », a déclaré un porte-parole d'EcoHealth.) Andersen a souligné qu'il n'y a aucune preuve suggérant que l'un des les travaux décrits dans la proposition ont effectivement été effectués. Mais il a ajouté: "J'étais assez consterné, en fait, de le voir sortir maintenant. Je pense que les chercheurs basés aux États-Unis qui bénéficiaient de cette subvention particulière ont rendu un très mauvais service en ne publiant pas ces informations plus tôt. » (Le porte-parole d'EcoHealth m'a dit que "la proposition de la DARPA n'a pas été financée" et que "le travail décrit n'a jamais été fait.")
Wang, à Duke-N.U.S. Medical School, a été le premier membre de la proposition de la DARPA à en discuter publiquement. Il a récemment rejoint Bloom, Worobey et Chan pour un débat animé par Science et diffusé en direct en ligne. Bloom et Chan ont tous deux demandé pourquoi l'existence de la proposition n'avait pas été partagée plus tôt. Wang, qui est né et a grandi en Chine, détient la nationalité australienne et vit maintenant à Singapour, a déclaré qu'il ne connaissait pas "la procédure appropriée pour divulguer les informations" d'une subvention de la DARPA ratée. Lorsque Jon Cohen, écrivain pour Science et modérateur du débat, l'a poussé sur la transparence, Wang a déclaré que les sites de clivage du furine ne faisaient pas partie de sa proposition. «Dès le premier jour, ai-je dit, concevoir un coronavirus dans un laboratoire, techniquement, c'est possible. Mais concevoir le SARS-CoV-2 à partir des connaissances existantes ? Ce n'est pas possible."
Cela me paraissait étrange qu'avec la technologie actuelle, les virologues ne puissent pas examiner le génome du SRAS-CoV-2 et déterminer s'il avait été conçu artificiellement. Quand j'en ai parlé à un virologue français qui étudie les coronavirus, il a dit, impassible, "Le secret, c'est que si vous regardez d'assez près, vous pouvez voir une minuscule signature de l'Institut de virologie de Wuhan." Les partisans d'une fuite de laboratoire reposent la plupart de leurs arguments sur l'hypothèse que les responsables chinois, le W.I.V. et Shi Zhengli mentent sur les virus qu'ils avaient et le travail qu'ils ont fait, dans une dissimulation massive. Les partisans de l'origine naturelle supposent que le W.I.V. a tout partagé. "Ce n'est pas que les scientifiques n'auraient pas voulu partager", a déclaré Relman, qui s'est abstenu de prendre position sur la question de l'origine du SARS-CoV-2. "C'est qu'ils n'auraient pas été autorisés."
Les enjeux sont élevés de tous côtés. D'un certain point de vue, prouver que le virus a une origine naturelle est encore pire pour la Chine. Si les fermes d'élevage d'animaux sauvages étaient responsables de la pandémie, cela impliquerait les politiques du président Xi Jinping. S'il y a eu une fuite de laboratoire, un seul, ou quelques-uns, les scientifiques sont coupables d'un accident. Quoi qu'il en soit, il est probable que le gouvernement chinois préfère une tempête de théories tourbillonnantes, au sein desquelles ils peuvent continuer à pousser les leurs : que les soldats américains ont amené le virus à Wuhan en octobre 2019, lors des Jeux militaires mondiaux, ou que l'Américain gouvernement a fabriqué le virus à Fort Detrick, Maryland. Ou ils peuvent blâmer les aliments surgelés importés. Les théories du complot se ramifient à partir de là, dans leur propre type d'arbre évolutif.
Sans une plus grande transparence de la Chine, il sera difficile, voire impossible, de découvrir la vérité. Pékin "continue d'entraver l'enquête mondiale, de résister au partage d'informations et de blâmer d'autres pays, y compris les États-Unis", déclare la communauté du renseignement, dans le résumé déclassifié. "Ces actions reflètent, en partie, la propre incertitude du gouvernement chinois quant à l'endroit où une enquête pourrait mener ainsi que sa frustration que la communauté internationale utilise la question pour exercer des pressions politiques." Le président Biden, dans un communiqué, a déclaré que les États-Unis et leurs alliés continueraient à « faire pression sur la RPC. de partager pleinement les informations », et de coopérer à la deuxième phase de l'enquête de l'OMS, ce que Pékin a jusqu'à présent refusé de faire.
Pour l'instant, la bataille entre deux théories se poursuit. Comme un ami me l'a dit récemment : « Pourquoi semble-t-il que nous devons choisir un camp ? » Les deux camps partagent une volonté d'en comprendre les origines afin d'empêcher l'émergence de la prochaine pandémie. Mais, entre eux, il y a quelques différences d'accent.
Les partisans du « lab-leak » ont tendance à être plus intéressés par la biosécurité, la transparence et l'orgueil humain. Ils font preuve d'une admirable motivation à suivre la piste de l'argent, à renverser le pouvoir centralisé, à renverser la hiérarchie académique et à dénoncer les injustices des gouvernements oppressifs. Certains sont des faucons chinois. Dans l'ensemble, ils n'ont pas effectué de recherche de virus sur le terrain ou en laboratoire.
Du côté de l'origine naturelle, la plupart des gens ont effectué le genre de travail sur le terrain et en laboratoire que le W.I.V. a poursuivi - et sont régulièrement bouleversés par la diversité infinie de la nature. Ils croient aux précédents scientifiques, par opposition aux incertitudes qui n'ont pas encore été résolues. De nombreuses personnes dans ce camp ont consacré leur carrière à la conservation, à la biodiversité et à la santé publique, et ont mis en garde contre une future pandémie depuis des années. Les débordements se produisent le plus souvent en raison d'un changement d'affectation des terres ou d'un empiètement humain sur des endroits auparavant sauvages, ce qui se produit sur presque toute la planète, mais en particulier dans des régions qui se développent rapidement, comme la Chine du Sud et l'Asie du Sud-Est.
Plus d'un virologue m'a rappelé que la nature est la meilleure bioterroriste. C'est beaucoup plus créatif que les humains. Avec suffisamment de temps, l'évolution est capable de tout ce que nous pouvons imaginer et de tout ce que nous ne pouvons pas. « Si vous regardez un ornithorynque, vous pouvez très clairement vous rendre compte que ce n'est pas quelque chose que quelqu'un aurait conçu, n'est-ce pas ? » a dit Andersen. "Parce que c'est trop absurde. C'est un peu la catastrophe. Mais ça marche plutôt bien. » Il occupe sa propre niche écologique. Certaines des caractéristiques notables du SRAS-CoV-2, a déclaré Andersen, en font «l'ornithorynque des coronavirus».
Pourtant, les humains ont changé l'équation. Appeler les virus zoonotiques obscurcit le rôle que nous jouons dans leur évolution, que ce soit dans la nature, un marché humide ou un laboratoire. Qu'est-ce qu'une niche écologique quand les humains ont la main sur tout ? La diversité stupéfiante de la nature inclut la nature humaine. D'une manière ou d'une autre, le SARS-CoV-2 a trouvé sa niche écologique en nous.